Benim gibi hala kendi yazdiginiz yada farkli dll kullanarak bir url rewrite (ISS-7 disinda kilerden bashediyorum) sistemi kullaniyorsaniz.Masterpage 'den eger ki miras alan siniflarda javascript ,css dosyalarinizi görmüyor ise denenesi code parcasi...

1. <script src='<%= this.ResolveUrl( "~/js/jquery-1.3.2.min.js" )%>' type="text/javascript"></script>